Kod adı "Bayrak Harekatı" olan darbe planının uygulanması için 11 Temmuz 1980'de saat 04.00'te ordu komutanlarına harekete geçme emri verildi. Ancak Süleyman Demirel hükümetinin 2 Temmuz'da güvenoyu alması, planın ertelenmesine yol açtı. 12 Eylül sabahı darbe gerçekleşti ve tüm yetkiler, Genelkurmay Başkanı Orgeneral Kenan Evren liderliğindeki Milli Güvenlik Konseyi tarafından ele alındı.
Darbe sonrasında anayasa kaldırıldı, TBMM lağvedildi, sıkıyönetim ilan edildi ve birçok sivil toplum kuruluşu kapatıldı. Darbeciler, siyasi partileri de kapatarak Süleyman Demirel, Bülent Ecevit, Necmettin Erbakan ve Alparslan Türkeş gibi liderlere siyasi yasak getirip sürgüne gönderdi. Antidemokratik uygulamalar hızla artarken, idam kararları alındı. Özellikle 17 yaşındaki Erdal Eren'in yaşı büyütülerek idam edilmesi ve Kenan Evren'in "Asmayalım da besleyelim mi?" ifadesi dönemin acımasızlığını gözler önüne serdi.
12 Eylül sürecinde 650 bin kişi gözaltına alındı, binlerce insan yargılandı, birçok idam kararı verildi ve infaz edildi. Darbenin ardından binlerce öğretmen ve akademisyen işten çıkarıldı, kültür ve sanat hayatı sansürlendi. Darbecilerin hazırladığı 1982 Anayasası, güdümlü referandumda yüzde 92'lik "evet" oyu aldı. Bu anayasa ile darbecilere yargılanmama garantisi veren "geçici 15. madde" yer aldı. Ancak 2010'daki referandumla bu madde kaldırıldı ve darbecilerin yargılanmasının önü açıldı.
Darbenin hayatta kalan üyelerinden Kenan Evren ve Tahsin Şahinkaya hakkında açılan dava, Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesi'nde 2012'de kabul edildi. 18 Haziran 2014'te her iki darbeci de "ağırlaştırılmış müebbet hapis" cezasına çarptırıldı ve rütbelerinin sökülmesine karar verildi. Ancak Evren ve Şahinkaya'nın 2015'te ölmesiyle dava düştü ve mal varlıklarına el konulmaması kararlaştırıldı.
12 Eylül'ün karanlık mirası, demokrasiyi askıya alan uygulamalar ve insan hakları ihlalleriyle hafızalarda yer almaya devam ediyor.